الجایتو در زمان ساخت گنبد هنوز مسلمان نبود اما در آخرین سال های ساخت گنبد بود که تصمیم گرفت به زیارت حضرت علی (ع) و فرزندش امام حسین (ع) برود و در آنجا بود که مسلمان شد و مذهب شیعه را پذیرفت.
او با این اتفاق تصمیم گرفت که گنبد سلطانیه را به آرامگاه حضرت علی (ع) اختصاص دهد و قبر آن حضرت از نجف به ایران و سلطانیه بیاورد اما با مخالفت علمای شیعه مواجه شد، در نتیجه گنبد سلطانیه را به آرامگاهی برای خود تبدیل کرد.
