گمانه زنی ها درباره تاریخ دقیق ساخت قلعه بسیار است اما اکثریت آرا بر این عقیده هستند که به احتمال زیاد در قرن نهم هجری این ارگ بنا شده است؛ برخی از تاریخ نگاران اما آن را به دوره های پیش از صفویان متعلق می دانند.
مورچه خورت حوادث تاریخی زیادی را پشت سر گذاشته که از مهم ترین ترین آن ها می توان به ایفای نقشی استراتژیک در حین نبرد نادر شاه افشار با افغان های شورشی و سرکوب موفقیت آمیز آن ها در سال 1143 قمری اشاره کرد.
